Minęło pięć lat, odkąd kometa uderzyła w Ziemię i zgładziła ponad 75% światowej populacji (czyli od części 1 filmu). Fragmenty komety wciąż znajdują się w atmosferze, powietrze jest zanieczyszczone, utrzymuje się promieniowanie resztkowe, a trzęsienia ziemi i burze elektromagnetyczne stały się normą. Ludzie nie mają innego wyboru, jak tylko żyć w podziemnych schronach.

Jon mieszka z rodziną w bunkrze na Grenlandii. Pracuje jako inżynier, ale także jako zwiadowca, co oznacza, że zakłada kombinezon ochronny i okazjonalnie opuszcza schronienie, aby sprawdzić stan świata. Pewnego dnia zauważa, że w ziemi otworzyła się kolejna szczelina i zdaje sobie sprawę, że pęknięcia stają się coraz większe. Następnie udaje się na plażę, gdzie odkrywa grupę łodzi ratunkowych oraz rozbity statek. Sprawdza każdą łódź, ale w żadnej nie znajduje nic przydatnego. Następnie wchodzi na statek przez dziurę w kadłubie i znajduje przydatne narzędzia. Wewnątrz trafia na ciała martwej załogi. W szufladzie znajduje notatnik z pięknym rysunkiem kwiatu, który zabiera ze sobą. W tym momencie ktoś z bunkra ostrzega go przez radio przed nadchodzącą burzą. Jon zaczyna biec tak szybko, jak to możliwe, podczas gdy burza elektromagnetyczna zbliża się do niego z alarmującą prędkością. Na szczęście udaje mu się przeskoczyć przez bramę i wejść do bunkra w ostatniej chwili przed uderzeniem żywiołu.

Po przejściu dekontaminacji Jon siedzi w szoku, uświadamiając sobie, jak blisko był śmierci. Decyduje się na rozmowę z terapeutą, któremu wyznaje, jak dziwnie czuje się w obecnym stanie świata. Terapeuta wyjaśnia, że każdy przechodzi traumę i udaje, że jest inaczej, więc radzi Jonowi, by przestał udawać i był bardziej szczery wobec swojej rodziny. Tymczasem żona Jona, Allison, uczestniczy w spotkaniu liderów bunkra, którzy martwią się kończącymi się zasobami. Podczas gdy Allison otrzymuje wiadomość, że Jon bezpiecznie wrócił, dr Amina dzieli się informacjami zebranymi przez naukowców z innych bunkrów na temat krateru pozostawionego przez kometę. Rozmiar i kształt krateru zapobiegają tworzeniu się w jego pobliżu burz radioaktywnych, a jego głębokość chroni przed zanieczyszczonym powietrzem. To potencjalnie bezpieczne miejsce do życia. Jednak Adam przypomina jej, że krater znajduje się w południowej Francji, a w całej Europie trwa wojna domowa. Nagle trzęsienie ziemi wstrząsa bunkrem, ale wszyscy po prostu czekają, aż ustanie i kontynuują swoje zajęcia. Na spotkaniu ktoś zauważa, że trzęsienia ziemi zdarzają się ostatnio coraz częściej. Amina wyjaśnia, że płyty tektoniczne przesuwają się, powodując większą aktywność w okolicy. Jeden z żołnierzy twierdzi jednak, że skoro bunkier przetrwał uderzenie komety, przetrwa i to. Allison przypomina wszystkim, że otrzymali sygnał ratunkowy z zewnątrz. Adam odpowiada, że nie mają zasobów, by przyjąć więcej uchodźców, nie wspominając o ryzyku chorób, więc chce uciąć temat. Allison przypomina mu jednak, że każda decyzja musi zostać przegłosowana. Większość grupy staje po stronie Allison, więc zgadzają się wysłać pojazd gąsienicowy następnego dnia.

Później, gdy Jon naprawia rury, Allison znajduje ich syna, Nathana, na zewnątrz. Gniewnie go karci i przypomina o tym, jak ciężko Jon kaszle każdej nocy w wyniku swoich wypraw. Podczas kolacji Jon daje Allison kwiat znaleziony na statku. Kobieta zmusza Nathana do przyznania się, że wyszedł na zewnątrz, co wywołuje gniew Jona. Chłopiec opuszcza stół. Małżonkowie decydują się na wspólny taniec, choć Allison martwi się, słysząc ponowny kaszel męża. W swoim pokoju Nathan używa latarki i dziur w prześcieradle, by stworzyć gwiazdy na suficie, udając, że jest na zewnątrz i patrzy w niebo. Następnego dnia Jon znajduje pęknięcia na ścianach bunkra. W międzyczasie ekipa ratunkowa wyrusza i ratuje grupę ocalałych. W drodze powrotnej zespół prosi o pozwolenie na drugi kurs, ponieważ musieli zostawić ludzi z powodu braku miejsca. Adam natychmiast odmawia, przypominając o braku przestrzeni i zasobów. W tym momencie uderza kolejne trzęsienie ziemi i łączność z pojazdem zostaje przerwana. Wstrząsy są silniejsze niż zwykle, niszcząc meble i raniąc ludzi. Sufity w wielu pomieszczeniach zaczynają się walić. Jon zostaje uderzony w głowę odłamkiem gruzu, a pył potęguje jego kaszel. Przyjaciel pomaga mu wyjść z korytarza. Włącza się alarm, słychać pobliską eksplozję. Jon biegnie do biura, by ratować Allison, która również została przygnieciona gruzem. Pomaga jej wstać i razem ruszają na poszukiwania syna. Znajdują go w pokoju w masce, ale chłopiec i tak ma trudności z oddychaniem. Jon nakazuje rodzinie spakować najpotrzebniejsze rzeczy, podczas gdy sam szuka dodatkowych masek. W bunkrze panuje panika, ale Jonowi udaje się zdobyć maski z szafek. Nathan od razu czuje się lepiej, więc rodzina zaczyna uciekać. Wstrząsy trwają, ściany się sypią. Tłum gromadzi się przy wyjściu, które jest tylko częściowo otwarte. Jon prowadzi rodzinę do wschodniego tunelu. Odkrywają, że tunel się zawalił, ale nie mają innego wyboru, więc przeczołgują się pod gruzami. Ryzykując życie, udają się do drugiego wyjścia. Jon otwiera je, co przyspiesza walenie się pomieszczenia, ale rodzinie udaje się wyjść na zewnątrz.

Wokół biegają ocalali, a z ziemi tryskają gejzery wody. Małżeństwo traci z oczu Nathana, ale odnajdują go, gdy pomaga rannej Aminie. Zabierają ją ze sobą na plażę, gdzie ludzie próbują dostać się na łodzie. Jedna z łodzi przewraca się pod ciężarem tłumu. Desperaci próbują ukraść maskę Adama, więc Jon i Allison ruszają mu na pomoc. Napastnikowi udaje się zabrać maskę Jona, zanim ten wraz z żoną odciąga Adama na brzeg. Zostaje tylko jedna łódź. Jon kieruje rodzinę i kilku ocalałych na pokład. Allison chce zabrać więcej osób, ale pilot ostrzega, że nadmiar ciężaru zatopi łódź. Muszą zamknąć drzwi przed twarzami błagających ludzi. Ocalali trzymają się kadłuba, dopóki łódź nie odpłynie. W tym momencie pojawia się ogromna fala, która uderza w brzeg, zabijając wszystkich, którzy zostali. Łódź Jona zostaje rzucona przez fale, ale pilotowi udaje się utrzymać kurs. Chwilę później Jon sprawdza jakość powietrza – jest dobra, więc mogą zdjąć maski. Grupa dyskutuje, dokąd się udać. Skoro Islandia zniknęła, zgadzają się, że najbliższym celem jest Anglia. Kilka godzin później silnik gaśnie. Jonowi udaje się go naprawić. Gdy zapada noc, Nathan cieszy się, że w końcu widzi prawdziwe gwiazdy. Kilka dni później kończy się paliwo. Grupa musi wydzielać racje żywnościowe i dryfować z prądem. Po długim oczekiwaniu docierają do lądu. Odkrywają, że są w Liverpoolu. Jon potwierdza, że powietrze jest czyste i sugeruje znalezienie schronienia. Część miasta jest zalana, więc Jon używa wiosła, by dopłynąć do suchej drogi. Miasto wygląda na opuszczone. Podążają za kilkoma osobami, aż znajdują skromną osadę. Jon zauważa, że wielu ludzi wygląda na chorych. Grupa słyszy krzyki i trafia na protest przed bunkrem chronionym przez wojsko. Adam próbuje wyjaśnić żołnierzom, że są urzędnikami z Grenlandii i proszą o azyl. Żołnierze żądają odznak, ale tylko Allison ma swoją, więc tylko ona dostaje pozwolenie na wejście. Adam kłóci się z żołnierzami, tłum staje się agresywny, a żołnierz ostatecznie strzela do Adama, zabijając go. Inny ocalały również zostaje zastrzelony. Bramy się zamykają.

Nagle na niebie pojawia się burza. Tłum ucieka w panice. Amina i rodzina Jona zatrzymują furgonetkę prowadzoną przez Obiego. Ten żąda zapłaty, więc zabiera ich w zamian za zegarek Jona. Samochód wyjeżdża z miasta w samą porę. Allison pociesza Nathana, a Amina opłakuje Adama. Obi wyjaśnia, że ludzie są zdesperowani i zabiją za jedzenie. Kilka godzin później zatrzymują się w lesie. Obi opowiada, że przyjechał do Anglii z Nigerii 12 lat temu i nie żałuje tego. Jon pyta o Francję, ale Obi twierdzi, że jest tam zbyt niebezpiecznie, a historia o kraterze to mit. Nagle z nieba zaczynają spadać fragmenty komety. Wszyscy chwytają się drzew, podczas gdy podmuch niszczy korony roślin. Obi próbuje ratować swój samochód, ale zostaje zabity przez jeden z odłamków, który niszczy też auto. Po ustaniu deszczu meteorów rodzina i Amina zabierają przydatne rzeczy i ruszają pieszo. W końcu docierają do Londynu i pukają do dużego budynku. Mackenzie celuje do nich z broni, ale rozpoznaje starych znajomych i wpuszcza ich do środka. Okazuje się, że to dom spokojnej starości dla starszych ludzi. Mackenzie wyjaśnia, że udało jej się odizolować to skrzydło, a generator napędza system filtracji powietrza. Podczas kolacji Jon pyta o krater, ale Mackenzie słyszała tylko plotki. Na ulicach słychać krzyki i strzały – Londyn nie jest już bezpieczny. Później Allison słyszy kaszel Jona w łazience i znajduje krew w umywalce. Jon próbuje skłamać, że to krew z nosa, ale w końcu wyznaje prawdę: lekarz w bunkrze dał mu od 6 do 8 tygodni życia. Allison chce zostać w domu spokojnej starości, by spędzić ostatnie dni razem, ale Jon odmawia. Chce znaleźć nowy dom dla rodziny, by móc odejść w spokoju.

Następnego dnia Mackenzie daje im samochód i broń do obrony. Po pożegnaniu ruszają w drogę. Kilka godzin później, podczas jazdy przez wieś, Jon próbuje rozweselić Nathana grami. Nagle kula rozbija okno i zabija Aminę. Napastnicy strzelają z krzaków, chcąc ukraść samochód. Jon odpowiada ogniem, eliminując rabusiów jednego po drugim. Gdy kończy mu się amunicja, ostatniego napastnika zabija Allison. Rodzina chowa Aminę, a Jon odmawia modlitwę. Kilka godzin później docierają do ogromnego pustynnego obszaru – to, co zostało z kanału La Manche. Oznacza to, że nie potrzebują łodzi. Mijają wraki statków i kontenerów. Po pewnym czasie drogę blokuje ogromna przepaść między Anglią a Francją, którą można pokonać tylko przez niebezpieczny most linowy. Nathan jest przerażony, więc Jon idzie pierwszy. Podczas przeprawy silny wiatr niemal zrzuca ich w otchłań, ale udaje im się dotrzeć do formacji skalnej na środku przepaści. Dwie drabiny łączą skałę z drugą stroną. Uderza trzęsienie ziemi. Most linowy pęka, ludzie spadają w przepaść. Drabina zaczyna się ślizgać, a jeden z mężczyzn spycha innego w otchłań. Zdesperowany człowiek ląduje na Nathanie, zanim formacja skalna się rozpada. Mężczyzna spada, ale Nathan chwyta się krawędzi drabiny i z pomocą rodziców wchodzi na górę. Rodzina dociera bezpiecznie do Francji.

Kontynuują podróż pieszo przez pustkowia. Spotykają Dennisa, który po upewnieniu się, że nie są rabusiami, zabiera ich do swojego domu w starej fabryce. Dennis zasila ją silnikiem samochodowym i panelami słonecznymi. Przedstawia ich swojej córce Camille i niemej żonie na wózku. Podczas kolacji Dennis ostrzega ich przed niebezpieczeństwami związanymi z wyprawą do krateru. Camille pokazuje Nathanowi swoje znaleziska, a on rewanżuje się swoim „gwiezdnym prześcieradłem”. Następnego ranka Dennis daje Jonowi mapę i zdjęcie przyjaciela z wojska, które ma im pomóc. Dennis prosi Jona, by zabrali ze sobą Camille – chce dla niej bezpieczeństwa, którego sam nie może jej zapewnić, bo musi opiekować się żoną. Allison się zgadza. Po pożegnaniu ruszają furgonetką Dennisa. W drodze poprawiają sobie nastroje grami, ale zostają zatrzymani przez żołnierzy. Camille przekonuje ich do pomocy. Nocą docierają do strefy wojny. Żołnierz prowadzi ich przez las pod ostrzałem. Muszą uciekać przed wybuchami i ogniem. Ich przewodnik kontaktuje się z bunkrem i informuje o cywilach. W końcu docierają do okopów, gdzie Jon niemal mdleje z powodu kaszlu. Przechodzą przez labirynt ciał i docierają do drabiny, która prowadzi ich do lasu.

Rano znajdują obóz wojskowy. Jon zauważa góry, których wcześniej nie było – są blisko krateru. Okazuje się, że przyjaciel Dennisa nie żyje, a żołnierze nie chcą im pomóc. Jon wyznaje, że umiera i chce tylko chronić rodzinę. Jeden z mężczyzn lituje się nad nimi i znajduje im miejsce w autobusie. Podróż zostaje przerwana przez atak rebeliantów. Żołnierz i kierowca giną. Jon każe rodzinie uciekać, a sam walczy z napastnikiem wewnątrz autobusu. Rozlegają się strzały. Jon wychodzi z autobusu z bronią, ale okazuje się, że został postrzelony. Wszyscy wracają do pojazdu. Nathan uciska ranę ojca, a Allison prowadzi. W końcu docierają na szczyt nowej góry i znajdują krater. Plotki okazały się prawdziwe – to piękne miejsce z żyzną ziemią i czystym powietrzem, idealne do odbudowy cywilizacji. W tym momencie Jon upada. Rodzina otacza go, by pożegnać się przed jego śmiercią. Wszyscy płaczą, a Nathan powtarza modlitwy ojca i umiera.